세금 자진신고 시 과다 납부한 세액을 바로잡아 달라는 ‘경정청구’ 기한이 지났더라도 과세관청이 필요경비가 실제 사업성 경비인지를 확인한 후 종합소득세를 결정해야 한다는 판단이 나왔다.

국민권익위원회는 택배업을 운영하는 ㄱ씨의 2018년 귀속 종합소득세에 대해 사업소득 지급명세서상 누락된 필요경비가 실제 사업상 경비인지를 확인한 후 종합소득세를 결정할 것을 과세관청에 시정권고 했다. 

택배업을 운영하는 ㄱ씨는 2018년 귀속 종합소득세를 신고했는데 과세관청은 ㄱ씨가 2억 2천여만 원의 매출을 누락했다며 이를 소득으로 합산해 종합소득세 8천여만 원을 부과했다.

이에 ㄱ씨는 “직원에게 지급한 사업소득지급명세서 금액 중 1억 7천여만 원을 종합소득세 필요경비에 산입하지 않았다.”라며 이를 인정해 달라고 과세관청에 요청했다.

그러나 과세관청은 종합소득세 부과 이후 90일 이내 경비를 인정해달라는 ‘경정청구’를 하지 않았다며 ㄱ씨의 요구를 거부했다.

국민권익위의 조사 결과, ㄱ씨는 과세관청이 종합소득세를 부과하기 전에 필요경비를 이미 신고했고 ㄱ씨의 계좌에서 필요경비가 출금된 내역을 확인했다.

또 ㄱ씨는 택배업을 운영했기 때문에 인건비를 지급해야 하는데 2018년 손익계산서에는 인건비로 계상한 금액이 확인되지 않았다.

국민권익위는 ㄱ씨가 종합소득세를 부과받고 사정상 90일 이내에 불복청구를 하지 못했으나 국세기본법은 근거과세를 원칙으로 하고 있는 점 등을 종합적으로 고려했다.